Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) merupakan peleburan Fakultas cabang yang menginduk pada IAIN. Peleburan tersebut didasarkan pada respon logis dari tuntutan pengembangan kelembagaan Pendidikan Tinggi Islam di Indonesia. Kelahiran STAIN Samarinda telah melalui proses panjang yang dimulai dari adanya gagasan untuk mendirikan Perguruan Tinggi Islam di Kalimantan Timur dan dipelopori oleh beberapa tokoh yang tergabung dalam organisasi Islam. Keinginan mendasar dan mendesak tersebut diawali oleh suatu kesepakatan mengutus Ny. Hj. Hamdiah Hassan (Istri Gubernur KDH. Tk. I Kalimantan Timur pada waktu itu) selaku ketua Yayasan Pendidikan dan Kesejahteraan Wanita Islam Kalimantan Timur untuk menyampaikan dan memperjuangkan aspirasi dan hasrat umat Islam dimaksud kepada pihak yang berwenang di Jakarta.
Akhimya pada bulan Oktober 1962, di Cipayung didampingi oleh seorang mahasiswa IAIN Sunan Kalijaga asal Kalimantan Timur (Yusran Jafar), Hj. Hamdiah Hassan berupaya menyalurkan hasrat dan keinginan mendirikan Perguruan Tinggi Islam dengan pihak Biro Perguruan Tinggi Agama Departemen Agama Republik Indonesia. Pembicaraan pada waktu itu cukup mendapat sambutan dan ditindaklanjuti dengan pembicaraan berikutnya secara khusus antara Biro Perguruan Tinggi Agama Departemen Agama Republik Indonesia, Rektor IAIN Sunan Kalijaga dan Utusan Daerah Kalimantan Timur.
Pertemuan ini menghasilkan beberapa kesepakatan yang dituangkan dalam bentuk surat dari pihak Biro Perguruan Tinggi Agama Departemen Agama Republik Indonesia, tertanggal 14 Nopember 1962 Nomor: P.1/12526/62. Melalui surat tersebut, langkah dan upaya persiapan pendirian STAIN dikoordinir oleh Yayasan Pendidikan dan Kesejahteraan Wanita Islam Kalimantan Timur. Akhirnya pada tanggal 18 Agustus 1963, Gubernur KDH. TK. I Kalimantan Timur meresmikan berdirinya Sekolah Persiapan Institut Agama Islam Kalimantan Timur (SPIAI) yang pengelolaannya dipercayakan kepada tim (Presidium) yang terdiri dari 5 orang dan diketuai oleh Syahidin, BA.
Selanjutnya dengan membawa beberapa surat dukungan dari Sekolah Normal Islam, PGAN 6 tahun, dan Sekolah Muslimat Samarinda tim melaporkan pendirian SPIAIN kepada Biro Perguruan Tinggi Agama Departemen Agama Republik Indonesia melalui surat No. 17/Lap/1963 tertanggal 19 Agustus 1963 dan mendapat sambutan positif dari pihak Departemen Agama Republik Indonesia.
Setelah mendapatkan hasil dari Jakarta, segera diadakan rapat pada tanggal 19 Oktober 1963 yang dipimpin oleh H. Ahmad Yusuf, dengan kesimpulan antara lain menyangkut pembentukan panitia penegerian SPIAI Kalimantan Timur dan persiapan pendirian Fakultas Tarbiyah IAI Kalimantan Timur. Akhirnya pada tanggal 17 September 1964 diresmikan penegerian SPIAIN Kalimantan Timur oleh Dr. H.A. Mukti Ali, MA atas nama Menteri Agama Republik Indonesia, yang pengelolaannya dipercayakan kepada IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Untuk selanjutnya induk pengelolaan SPIAIN dipindahkan ke IAIN Antasari dan terakhir ke IAIN Sunan Ampel. (sekitar bulan Juli 1967). Pada tahun 1976 secara resmi SPIAIN Sunan Ampel Samarinda dilebur menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN I sekarang).
Bersamaan dengan usaha penegerian SPIAI, timbul gagasan untuk mendirikan Fakultas Islam swasta yang secara resmi dibuka sesuai Surat Keputusan Panitia Pembukaan Fakultas Tarbiyah IAI Kaltim, Nomor: 25/PN/1964 tanggal 17 September 1964. Pimpinan Fakultas waktu itu dipercayakan kepada Letkol Ngadio.
Kuliah perdana dilaksanakan pada tanggal 6 Oktober 1964. Setelah berjalan selama 1 tahun, panitia menyampaikan laporan tentang perkembangan dan persiapan penegerian Fakultas Tarbiyah IAI Kalimantan Timur kepada Biro Perguruan Tinggi Agama Departemen Agama Republik Indonesia. Setelah melalui perjuangan akhirnya terbit Nota Persetujuan dari pihak Biro Perguruan Tinggi Agama Departemen Agama Republik Indonesia, yang menyatakan bahwa pada prinsipnya Direktorat Perguruan Tinggi Agama Departemen Agama Republik Indonesia menyetujui penegerian Fakultas Tarbiyah IAI.
Di samping mendapat persetujuan dari pihak Direktorat, panitia juga memperoleh persetujuan dari Rektor IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta yang dituangkan dalam surat Nomor: 435/BR/A/65 tertanggal 27 Oktober 1965 dengan saran antara lain agar panitia membina kerja sama dengan Pemerintah Daerah Tk. I dan segera membentuk Yayasan Badan Wakaf untuk menanggulangi keperluan finansial selanjutnya.
Memperhatikan surat Rektor IAIN Sunan Kalijaga tersebut di atas, maka dibentuklah Yayasan Badan Wakaf Fakultas Tarbiyah pada bulan Nopember 1965 dengan menempatkan A. Muis Hasan (Gubernur Kalimantan Timur) sebagai Ketua Umum. Selanjutnya pada tanggal 1 April 1966 Yayasan Badan Wakaf mengadakan penyempurnaan kepengurusan, meskipun tetap mempertahankan A. Muis Hasan sebagai Ketua Umum. Setelah berjalan beberapa bulan ternyata Hamri Has, BA mendapat panggilan tugas belajar ke IAIN Sunan Ampel di Malang. Oleh panitia penegerian diangkatlah H.A. Sani Karim sebagai Pimpinan Fakultas yang baru sesuai dengan SK No. 024/PP/Kab.a/68 tertanggal 1 Januari 1968.
Sementara itu di dalam tubuh yayasan pun terjadi perubahan yang merupakan hasil keputusan rapat pengurus pada tanggal 16 Juni 1968. Untuk periode ini Ketua Umum Yayasan dipercayakan kepada H.A.P. Aflous dan Syahidin, BA sebagai Sekretaris Umum. Keinginan untuk menegerikan Fakultas Tarbiyah IAI Kaltim terus memotivasi panitia untuk melakukan berbagai pendekatan, dan akhirnya melalui SK. Rektor IAIN Sunan Ampel tanggal 8 Juli 1968 dengan Nomor: 1301/k/24 B/D/RcISA/1968 diperoleh informasi bahwa Menteri Agama telah merestui keinginan panitia.
Akhirnya pada bulan Nopember 1968 secara resmi Fakultas Tarbiyah IAl Kalimantan Timur dijadikan Fakultas Tarbiyah IAIN di bawah asuhan IAIN Sunan Ampel Surabaya, dengan SK Menteri Agama RI No. 167/1968. Pimpinan Fakultas waktu itu dipercayakan pada Drs. Tengku Rasyid Hamzah sebagai Pj. Dekan.
Periode kepemimpinan sejak 1968 ‑ 1999 terjadi beberapa kali perubahan dan pergantian kepengurusan Yayasan Badan Wakaf maupun pimpinan Fakultas. Yayasan Badan Wakaf dibawah pimpinan H.A. P. Afloes dapat bekerja hingga tahun 1975, demikian juga dengan kepemimpinan Fakultas di bawah pimpinan Drs. Tengku Rasyid Hamzah.
Kemudian kepengurusan Yayasan Badan Wakaf untuk periode 1976‑1982 dipercayakan kepada H.M. Kadri Oening sebagai Ketua Umum dibantu beberapa Ketua, Sekretaris dan jajaran pengurus lainnya. Dan pada periode berikutnya (1983 ‑ sekarang) kepengurusan Yayasan dipercayakan kepada H. Saleh Nafsi, SH untuk memimpinnya.
Didalam tubuh fakultas terdapat perubahan struktur kepemimpinan yang mendasar. Selama tiga periode berturut-turut sejak 1975 – 1983 jabatan Dekan dipercayakan pada Drs. H.M. Yusuf Rasyid, kemudian periode 1983-1988 dijabat oleh Drs. H. Sabran Djailani. Sedangkan selama dua periode berikutnya (1988-1997) jabatan Dekan dipegang oleh Drs. H. Nukthah Arfawie Kurde. Selanjutnya, Drs. H.M. Yusuf Rasyid menjabat lagi sebagai Dekan, walaupun hanya beberapa bulan lamanya.
Pada periode ini terjadi alih status dari Fakultas Tarbiyah IAIN Antasari Samarinda menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Samarinda, tepatnya tanggal 16 Juni 1997 sebagaimana tercantum dalam Keputusan Presiden RI. Nomor 11 Tahun 1997 dan Keputusan Menteri Agama RI. Nomor 312 Tahun 1997. Perubahan status ini telah menempatkan dosen, karyawan dan mahasiswa Fakultas Tarbiyah IAIN Antasari Samarinda sebagai dosen, karyawan dan mahasiswa STAIN Samarinda (kecuali mahasiswa passing out angkatan tahun 1995/1996 ke bawah). Alih status tersebut pada prinsipnya merupakan respons logis dan tuntutan pengembangan kelembagaan pendidikan tinggi Islam di Kalimantan Timur.
Perubahan status dari fakultas cabang menjadi STAIN memberikan peluang strategis bagi STAIN Samarinda untuk mengembangkan kebijakan‑kebijakan dan aktivitas pendidikan tinggi yang dapat menjawab kebutuhan‑kebutuhan daerah pada khususnya dan nasional pada umumnya. Hal ini dilakukan mengingat selama berstatus sebagai fakultas daerah atau cabang, lembaga tersebut cenderung terbatasi ruang geraknya dalam mengantisipasi berbagai tuntutan yang berkembang. Dalam banyak segi, kelembagaan fakultas cabang terkesan tidak memiliki otonomi yang penuh untuk meningkatkan mutu akademik, karena sebagian besar pengambilan kebijakan sangat ditentukan oleh IAIN Induk. Dengan alih status ini STAIN memiliki otonomi penuh baik dalam hal pengelolaan ketenagaan, keuangan, sarana dan prasarana serta dalam pengembangan akademiknya.
Pada periode alih status ini pimpinan STAIN dipercayakan kepada Drs. H. Nukthah Arfawie Kurde, SH. M.Hum yang sempat menjabat selama dua tahun, kemudian jabatan Ketua dipercayakan kepada Prof. Dr. Hj. Siti Muri’ah (1999-2004), Prof. Dr. Fahmi Arif (2004-2006), Prof. Dr. Abdul Hadi, MA (2006-2009), dan saat ini STAIN Samarinda dipimpin oleh Dr. H. Hadi Mutamam, M. Ag (2009-2012) yang didampingi oleh Dra. Hj. Noorthaibah, M.Ag sebagai Pembantu Ketua I, sedangkan Dr. Zurqoni, M.Ag, sebagai Pembantu Ketua II dan Dr. H.M. Ilyasin, M.Pd. Sebagai Pembantu Ketua III.[1]
Status STAIN berlangsung dari 2007 hingga 2015. Perjuangan alih status yang bertahun-tahun untuk transformasi kelembagaan dari STAIN menjadi IAIN akhirnya terwujud di akhir kepemimpinan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono. Perubahan status ini berimplikasi pada perubahan struktur lembaga yaitu fakultas, jurusan dan program studi maupun pada struktur kelembagaan secara umum.
Dengan status IAIN Samrinda ini, berdirilah Fakultas Ushuluddin Adab dan Dakwah dengan Jurusan Penyiaran Islam (prodi Manajemen Dakwah dan Komunikasi Penyiaran Islam), Jurusan Pemberdayaan Masyarakat (prodi Bimbingan dan Konseling Islam), Jurusan al-Quran dan Hadisr (prodi Ilmu Alquran dan Tafsir).